日本旅行は2023年6月28日、愛知県の全国旅行支援事業運営業務における不正発覚の全容解明と全社点検の結果および再発防止策について発表しました。
不正発覚後、不正の発覚後、2020年4月から日本旅行グループが関わった公共関連事業の取扱案件2457件を調査しました。その結果、愛知県の事業で5月に公表された人件費の水増し（請求額換算5,640,749円）以外、新たな不正は確認されませんでした。なお、調査対象の取扱案件の内訳は、ワクチン接種会場の運営などの保健所支援事業が53％、経済対策事業が22％、観光関連事業が22％、その他の事業が3％でした。
日本旅行は愛知県の事業に対し、不正勤務額を減額し、6月9日に当該JV（共同企業体）から離脱。また、業務委託料から営業管理費を減額し、不正請求に関与した13人に懲戒処分を行いました。さらに、再発防止策と組織風土改革、教育・研修の強化、内部管理体制の強化を発表しました。日本旅行は「信頼回復と再発防止に向けた取り組みを真摯に行っていく」と伝えています。
愛知県の全国旅行支援事業は県からJTBに1次委託され、同社から日本旅行、近日本ツーリスト、東部トップツアーズ、名鉄観光に再委託。愛知県は「直接的契約相手でないため、（日本旅行の）指名停止は行わない」と発表しています。
