KNT-CTホールディングスは、2023年11月9日に、子会社・近畿日本ツーリストによる自治体の新型コロナワクチン事業における過大請求問題に関連して、再発防止策の進捗状況と残りの過大請求額について報告しました。
再発防止策として、グループの経営陣と社員の意識調査が行われ、課題と対応策が整理されました。なお、2万件を超えるコメントが集まりました。また、経営陣が各支店を訪れるタウンミーティングが開始されました。この取り組みでは、「経営陣の考えを丁寧に社員に伝えるとともに、職場の課題について社員の声を聞き、経営に生かすことが目的」（広報）と説明します。
2024年1月には、経営陣と社員が参加する教育研修が開始されます。初回は、渋沢栄一の「論語と算盤」を題材にしたプログラムが行われます。3月には、ビジネスの法律知識と価値判断の見識を深める「ビジネスコンプライアンス検定」の受験を予定。「経営陣も例外なく検定を受ける」（広報）と言います。
他にも受託業務取り扱いガイドラインの改定や業務プロセスの慎重な執行、情報一元化を図る基幹システムの運用、審査監査スタッフの充実などの取り組みが進められていることが報告されました。
過大請求額は11月9日時点で、最大34自治体、最大6.5億円と発表されました。9月の会見では、最大37自治体、約7億円と発表されていましたが、精査の結果、返金された自治体と課題請求が認められなかった自治体が確認されました。
